O Instituto Pedro Matajs está sediado a 46 km do centro, no extremo sul da capital paulista, no bairro de Embura. Localizado numa região rural e entorno da Área de Proteção Ambiental Capivari-Monos, que corresponde a 1/6 da área do município de São Paulo, abrigando espécies de fauna e flora em extinção, rios como o Capivari-Monos, ainda limpos e constitui uma reserva de água potável para região metropolitana.

O Instituto, possui sede própria com infra-estrutura voltada para o ecoturismo rural, com uma área de Mata Atlântica preservada, com cursos de águas, lagos, trilhas ecológicas com acompanhamento de monitores ambientais, viveiros de mudas nativas, hortas, produção do cogumelo Shiitake, produção do adubo orgânico e salão com capacidade até 100 pessoas para palestras, cursos, treinamento empresarial e workshops, incluindo almoço nesses eventos.

O Instituto Pedro Matajs realiza projetos voltados para o desenvolvimento rural sustentável, capacitando famílias da comunidade local, possibilitando a geração de renda com a venda de seus produtos, entre eles está o Projeto Raízes que visa a introdução na agricultura orgânica através da capacitação para o cultivo do Cogumelo Shiitake e a produção do adubo orgânico o Húmus de minhoca ( fevereiro/2008 a agosto/2009) e o Projeto Sementes do Futuro-Germinando na APA em andamento, tem por objetivo desenvolver conhecimentos e capacitação de pequenos agricultores em relação à colheita, beneficiamento e armazenamento de sementes nativas, bem como produção de mudas de espécies florestais nativas, visando obter qualidade, diversidade genética e específica, para subsidiar programas de recomposição florestal.